廣西壯族自治區疾病預防控制中心新發傳染病研究室于近日完成了一株腸道71型病毒（Enterovirus 71，EV71）全基因組序列測定。該毒株來自2008年廣西區一例手足口病死亡兒童，經RD細胞培養分離并噬斑稀釋法克隆純化，并用經衛生部推薦的.EV71 RT-PCR方法驗證。所采取的病毒全基因組序列測定策略是，采用BIOEDIT軟件對從Genebank下載現有的70條EV71的全序列進行同源性比較，篩選出EV71核酸序列的保守區段，利用Primer premier 5.0引物設計軟件在保守區段自行設計并合成九對引物；然后用這九對引物對該毒株進行RT-PCR擴增，凝膠電泳純化擴增產物，進行質粒連接并轉化感受態細胞，通過抗性篩選陽性克隆菌落，菌落直接送上海生物工程做雙向核酸序列測定；所得9個片段測序去除載體部分后，應用DNASTAR軟件做序列拼接，并結合測序峰圖確定最佳堿基，最后得到一條完整的廣西EV71全基因組序列。
用序列分析軟件MAGE4.0初步分析發現，此EV71 廣西分離株全基因組全長度7405bp，其中A占27.1%，C占24.3%，G占23.8%，U占24.9%。基因組5‘端有開始有742個堿基的5’非編碼區（5’untranslation region，5’UTR），其后為6582個核苷酸的編碼區，編碼一個大的多聚蛋白，其后為81個堿基的3‘非編碼區。經全基因組序列進化樹分析，該EV71為C4亞型，與2008年在國內其他地區和近些年在亞洲各國爆發的EV71屬同一亞型。廣西這株EV71毒株的基因組全序列現已被Genebank收錄，收錄號為GQ892830。
EV71屬小RNA病毒科（Picornaradae）腸道病毒屬（Enterovirus）成員。1974年Schmidt等人首次報道從美國加州爆發的表現為神經系統癥狀患者中分離到EV71病毒，隨后世界上許多國家相繼報道了EV71病毒的流行情況。目前已知的EV71感染可以導致手足口病（hand,foot and mouth disease,HFMD），特別是其侵犯中樞神經系統，給兒童、尤其是嬰幼兒帶來很大的危害。近年來世界各國包括我國及周邊地區都有EV71感染所致的疾病大規模暴發，并伴隨著較多的死亡病例出現。目前EV71的檢測與分子流行病學研究主要基于病毒的核酸序列資料，因此其不同時期、不同地區和不同對象等病毒核酸序列數據了累積是非常有價值的。
本次EV71的全基因組序列測定完全由廣西疾病預防控制中心新發傳染病研究室自主完成，這標志著我單位的分子生物學研究水平又上了一個新臺階。今后我們可以應用該技術對更多有地方特色的病原微生物菌（毒）株進行核酸序列分析，為廣西的傳染病預防控制及研究提供更多高水平的方法和數據。
（楊哲、鄧麗麗）
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